1. 以20 uL的qPCR反應(yīng)體系為例:在一干凈的PCR管中,加入下列成分:
反應(yīng)體系成分
|
20 uL體系
|
終濃度
|
qPCR MagicMix,2×
|
10 uL
|
1×
|
自備引物一a
|
x uL
|
0.1-0.5 uM
|
自備引物二a
|
x uL
|
0.1-0.5 uM
|
自備模板a
|
x uL
|
|
自備ROXb
|
2 uL
|
(可以不加)
|
補(bǔ)超純水到
|
20 uL
|
|
放入熒光PCR儀中進(jìn)行擴(kuò)增, 并在退火或延長(zhǎng)步驟中記錄熒光信號(hào)。
注意:
a) 通常引物濃度以0.2 μM可得到較好結(jié)果,可以終濃度0.1-1.0 μM作為設(shè)定范圍的參考;通常DNA模板的量以10-100 ng基因組DNA或1-10 ng cDNA為參照,因不同物種的模板中含有的目的基因拷貝數(shù)不同,可對(duì)模板進(jìn)行梯度稀釋,以確定*佳的模板使用量。
b) ROX 校正染料:如果使用ABI公司的7500,7700和7900三種型號(hào)的熒光PCR儀器,則需用自備的ROX進(jìn)行Ct值校正。對(duì)ABI 7700和7900,ROX的*佳濃度為1×(即在每20 uL 反應(yīng)體系中加2 uL 10×ROX)。對(duì)ABI 7500, ROX的*佳濃度為0.05-0.1×(每20 uL 反應(yīng)體系加0.1-0.2 uL 10×ROX;也可將10×ROX稀釋到1×,然后每個(gè)反應(yīng)體系加入1-2 uL 1×ROX)。ROX會(huì)在溶解曲線中產(chǎn)生噪音,因此,如果出現(xiàn)了雜峰,將軟件中“Passive Reference Dye”中的“ROX”選項(xiàng)取消打勾,然后重新分析數(shù)據(jù)。
對(duì)于iCycler IQ,MJ Opticon,MJ Chromo4,MX3000,MX4000, RotorGene3000,RotorGene 6000 和 LightCycler 480等型號(hào)的熒光PCR儀器,ROX不是必須的,但加入的話也不會(huì)影響整個(gè)PCR分析。
2. 循環(huán)步驟:根據(jù)擴(kuò)增子的性質(zhì)和儀器性能,從以下三個(gè)過程中任選一個(gè)進(jìn)行擴(kuò)增。
A:兩步快速循環(huán)法:適用于引物Tm值設(shè)計(jì)為60℃的反應(yīng)
循環(huán)步驟
|
溫度
|
時(shí)間
|
循環(huán)數(shù)
|
酶活化
|
95℃
|
10 min
|
1
|
變性
退火&延伸
|
95℃
60℃
|
15 s
1 min
|
35-40
|
注意:本產(chǎn)品所采用的熱啟動(dòng)酶須在預(yù)變性95℃、10 min條件下實(shí)現(xiàn)酶的活化。退火溫度請(qǐng)以60-64℃作為設(shè)定范圍的參考,發(fā)生非特異性反應(yīng)時(shí),可提高退火溫度。
B:三步快速循環(huán)法:適用于延伸步驟溫度高于退火步驟的PCR(長(zhǎng)引物PCR)
循環(huán)步驟
|
溫度
|
時(shí)間
|
循環(huán)數(shù)
|
酶活化
|
95℃
|
10 min
|
1
|
變性
退火
延伸
|
95℃
56-64℃d
72℃e
|
10 s*
30 s
32 s
|
35-40
|
注意:
a) 退火溫度:建議采用兩步法PCR,退火溫度60℃進(jìn)行反應(yīng)。若提高反應(yīng)特異性,可提高退火溫度,以60-64℃作為設(shè)定范圍的參考。若因使用Tm值較低的引物等原 因,得不到良好的實(shí)驗(yàn)結(jié)果時(shí),可嘗試進(jìn)行三步法PCR擴(kuò)增,三步法的退火溫度請(qǐng)以56℃-64℃的范圍作為設(shè)定參考。延伸溫度:延伸溫度設(shè)為72℃通??梢蕴岣邤U(kuò)增效率。但是,對(duì)于AT含量大于70%的擴(kuò)增子來說,延伸溫度設(shè)為60℃為宜。
C:通用循環(huán)法:這種循環(huán)方法適用于幾乎所有的熒光PCR儀,也適用于用快速循環(huán)法不能擴(kuò)增的模版。
循環(huán)步驟
|
溫度
|
時(shí)間
|
循環(huán)數(shù)
|
酶活化
|
95℃
|
10 min
|
1
|
變性
退火&延伸
|
95℃
60℃
|
15 s
60 s
|
35-40
|
3. 數(shù)據(jù)采集
具體操作按所用儀器推薦的流程進(jìn)行。本產(chǎn)品中所含的熒光染料在沒結(jié)合DNA時(shí),*大吸收光譜在471nm,結(jié)合DNA時(shí)的*大吸收光譜在500nm,*大發(fā)射光譜在530nm。
其他注意事項(xiàng):
1. 如果使用iCycler,可以不加入FAM。
2. 如果使用Roche LightCycler的玻璃毛細(xì)管進(jìn)行PCR,需加入終濃度為0.5mg/mL的自備BSA。
|